Anno Domini 1327, letzte Novemberwoche, in einer reichen Benediktinerabtei an den Hängen des Apennin. Bruder William von Baskerville (Sean Connery), gelehrter Franziskaner aus England, kommt als Sonderbotschafter des Kaisers in delikater Mission: Er soll ein hochpolitisches Treffen zwischen der Ketzerei verdächtigten Minoriten und Abgesandten des Papstes organisieren.

Doch bald erweist sich sein Aufenthalt in der Abtei als apokalyptische Schreckenszeit. William und sein Gehilfe Adson (Christian Slater) werden Zeugen der wundersamsten und für eine Abtei höchst befremdlichen Begebenheiten und Todesfälle.

William wird vom Untersuchungsfieber gepackt: Weit mehr als der Streit zwischen Kaiser und Papst interessiert ihn die Entlarvung des Mörders und dringt dabei immer tiefer ein in die Geheimnisse der Abtei. Und er muss ich beeilen: sein ärgster Widersacher Bernardo Gui (F. Murray Abraham), ein erbarmungsloser Hexen- und Ketzerjäger, wähnt hinter den Vorfällen den Teufel am Werke und hat rasch seine Sündenböcke gefunden…